Sur le plan de la terminologie, on dit en Japonais Densha pour le train.
La Japan Rail, ou en l'occurrence la JR East à Tokyo, ne propose que des trains dont la fameuse et très pratique ligne circulaire Yamanoté qui permet de se rendre aux principaux quartiers de Tokyo.
JR East compte 36 lignes qui se différencient les unes des autres par leur code couleur.
Une simplification dans la distinction des lignes est envisagée par la compagnie nationale. Chaque ligne comportera un sigle avec des lettres et des chiffres comme « JY 10 ».
Vu la densité du territoire à couvrir et le souci d'optimisation du temps de trajet par les compagnies ferroviaires, les lignes ne sont pas toutes omnibus (seuls les trains « foutsou » 普通 le sont). Certaines peuvent être rapides / expresses, ou super expresses, desservant de moins en moins d'arrêts suivant la vitesse du train. Dans cette logique, le shinkansen, le « TGV » Japonais, monopole de la compagnie nationale JR ne s'arrête plus qu'aux principales villes du pays. Les shinkansen partent des gares suivantes :
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Gare centrale de Tokyo
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Gare de Shinagawa (sud)
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Gare d'Uéno (nord)
Il est donc recommandé d'être vigilant au type de train emprunté et des stations desservies.
On dénombre d'autres compagnies ferroviaires privées telles que : Keikyu, Keisei, Tobu...
